① 施工方与建设方协商，同意扣减“工程结算总额”的情况下，“罚款”的处理有两种情况：

第一种，工程未最终结算时，可在后期对工程的验工计价环节扣除。

第二种，如果工程已经结算，发票已经开给建设方，则应根据现行增值税专用发票的相关规定，由施工方开具红字专用发票冲抵后，再按扣除罚款后的金额为建设方开具建筑业专用发票。

红字发票：

借：银行存款（红字）

贷：工程结算（红字）

应交税费-应交增值税（销项税额）（红字）

按扣减“罚款”后的金额重新开具发票

借：银行存款

贷：工程结算

应交税费-应交增值税（销项税额）

② 建设方不同意在“工程结算总额”中扣减，则需向建设方索取收据入账，账务处理：

借：营业外支出-罚款

贷：银行存款/现金